食品業界を取り巻く環境は、BSE（牛海綿状脳症）の発生やJAS法、食品衛生法の改正など、著しく変化しました。このような状況下、農林水産省  総合食料局食品産業振興課(当時)より、行政側と業界との連携強化のため協会設立の要請がありました。

㈱食品化学新聞社社長　落合慶一郎氏（当時）が世話人となり、業界２２社の代表、代理人、行政担当者の出席の下、設立準備会が発足し、月に1回のペースで世話人、農林水産省のオブザーバーを交え討議を重ねて参りました。

発起人会社２２社の代表と実務担当者、農林水産省総合食料局食品産業振興課長、㈱食品化学新聞社の出席の下に、設立オーナー会議が開催されました。　　　　　同日アリアケジャパン株式会社本社内に設立準備事務室が開設され、推薦により石田賢吾氏（初代専務理事（平成15年~平成29年）現顧問、石田技術士事務所所長）が設立準備の任に当たられました。

霞ヶ関東京會舘にて設立総会となる平成15年度通常総会が開催され、日本エキス調味料協会が加入企業47社にて発足しました。

現在会員数は62社です。